Truyền thuyết lưu rằng, sau khi Từ Đạo Hạnh chết, ông cho thiền sư Nguyễn Minh Không biết mình sẽ đầu thai thành con của Sùng Hiền hầu – em trai của vua Lý Nhân Tông. Vị vua này không có con nên đã nhường ngôi cho con của Sùng Hiền hầu là Lý Dương Hoán, người con này chính là Từ Đạo Hạnh đầu thai, trở thành vua Lý Thần Tông.

Tương truyền ông viên tịch vào ngày 7 tháng 3 năm Bính Thân (1116) tại chùa núi Thạch Thất. Thạch Thất là tên huyện, tức là huyện Thạch Thất ngày nay, tên núi là Phật Tích. Từ Đạo Hạnh đến chơi núi ấy, thấy tảng đá trong hang núi có vết chân người, lấy chân ướm vào vừa đúng: tục truyền đó là chỗ Đạo Hạnh trút xác. Trước kia phu nhân của Sùng Hiến hầu là Đỗ thị đã có mang, đến đây trở dạ mãi không đẻ. Hầu nhớ lại lời Đạo Hạnh dặn khi trước, sai người chạy ngựa đi báo. Đạo Hạnh lập tức thay áo tắm rửa, vào hang núi trút xác mà qua đời. Người làng cho là việc lạ, để xác Đạo Hạnh vào trong khám để thờ. Nay núi Phật Tích tức là chỗ ấy. Hàng năm, mùa xuân, cứ đền ngày mồng 7 tháng 3, con trai, con gái hội họp ở chùa, là hội vui có tiếng một vùng. Người đời sau ngoa truyền là ngày giỗ của sư (xác Đạo Hạnh đến khoảng năm Vĩnh Lạc nhà Minh, bị người Minh đốt cháy, người làng ấy lại đắp tượng lại thờ như cũ, hiện nay hãy còn)[4].

Đến tháng 6 thì Lý Dương Hoán, con trai của Sùng Hiền hầu ra đời, đây chính là vị vua tương lai Lý Thần Tông. Sau này Lý Thần Tông mắc bệnh lạ, người vua mọc lông cọp và gầm như cọp, quần thần phải dùng cũi vàng nhốt Vua. Người cứu chữa được là Đại sư Nguyễn Minh Không.

Tại Hà Nội có chùa Láng, tên chữ là Chiêu Thiền Tự được xây dựng đời vua Lý Anh Tông (con của Lý Thần Tông). Chùa thờ Thiền sư Từ Đạo Hạnh và Lý Thần Tông. Bên cạnh đó có chùa Nền, tên chữ là Đản Cơ Tự dựng trên nền ngôi nhà cũ của Từ Đạo Hạnh.